تعد المعاهد العلمية التابعة لجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية اللبنة الأولى لإنشاء الجامعة والركيزة الأساسية للتعليم الجامعي في العلوم الشرعية والعربية والاجتماعية ، حيث صدر أمر جلالة الملك عبدالعزيز بن عبدالرحمن آل سعود – رحمه الله - عام 1370هـ بافتتاح معهد الرياض العلمي ، وعهد بالإشراف عليه إلى سماحة الشيخ محمد بن إبراهيم آل الشيخ – رحمه الله – وذلك لسد حاجة البلاد من المؤهلين في العلوم الشرعية والعربية لتولي مهام القضاء والتدريس والوعظ والإرشاد والاستشارات الشرعية ، وبدأ المعهد يعد طلابه لهذه الأعمال حتى تخرج منه أجيال تولوا مناصب عدة ومسؤوليات مهمة ، ثم تتابع افتتاح المعاهد حتى بلغ عددها خلال العام الدراسي 1394هـ ستة وثلاثين معهداً علمياً ، وقد كانت المعاهد العلمية تدار باسم إدارة معهد الرياض العلمي وفروعه ثم أنشئت الإدارة العامة للكليات والمعاهد العلمية وبعد سنوات تحولت إلى رئاسة عامه للكليات والمعاهد العلمية .
وفي 23/8/1394هـ صدر المرسوم الملكي رقم م/50 المبني على قرار مجلس الوزراء رقم 1100 وتاريخ 17/8/1394هـ بالموافقة على إنشاء جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية وإقرار نظامها الأساسي واعتبارها مؤسسة مستقلة ، وقد طلبت جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية من المقام السامي ربط المعاهد العلمية بمدير جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية تحقيقاً للأهداف التي روعيت عند الإعداد للجامعة ورسالتها السامية ، فصدر قرار مجلس الوزراء رقم 12 وتاريخ 7/1/1397هـ بربط المعاهد العلمية بجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية إدارياً وفنياً ودمج ميزانيتها ضمن ميزانية الجامعة ، الأمر الذي حقق للجامعة ميزة الانفراد بالسلم التعليمي الذي يمكنها من الإشراف على بناء الإنسان علميا وتربويا من خلال أطول مدة تعليمية في مراحل التعليم المتوسط والثانوي والجامعي والعالي .
إن إنشاء الجامعة وربط المعاهد العلمية بها يعد دفعة لهذه المعاهد إذ خصت الجامعة المعاهد العلمية بإدارة مستقلة عن التعليم الجامعي في الجامعة تسمى إدارة المعاهد العلمية، وقد حولت هذه الإدارة إلى وكالة مساعدة للمعاهد العلمية.
وفي عام 1406هـ حولت إلى وكالة للجامعة لشؤون المعاهد العلمية لتواكب في مسيرتها التطور الشامل لوحدات الجامعة ولإعطاء المعاهد العلمية ما تستحقه من متابعة وتطوير ولربطها بالنظم واللوائح المعمول بها في الجامعة ،ولكي يتاح للمعاهد العلمية الاستفادة من خبرات أعضاء المجالس العلمية فيها.
ومنذ ذلك التاريخ تعد وكالة الجامعة لشؤون المعاهد العلمية المرجع الرسمي المباشر لجميع المعاهد العلمية ، حيث يرتبط بالوكالة العديد من الإدارات التنفيذية هي:
1- الإدارة العامة للإشراف التربوي: وتعنى بالمدرس وشؤونه العلمية والتربوية.
2- الإدارة العامة لتطوير الخطط والمناهج: وتعنى بالمناهج والكتب الدراسية وما يتعلق بها مثل الوسائل التعليمية.
الإدارة العامة للتجهيزات الدراسية: وتعنى بالتجهيزات العامة للمعاهد العلمية مثل المباني والأثاث وبقية الخدمات الأخرى.
3- الإدارة العامة للتدريب وتقنيات التعليم : وتعنى بتدريب المدرسين ، وتجهيزات المعاهد التقنية ووسائل التعليم.
4- إدارة الشؤون الطلابية: وتعنى بقبول الطلاب وتوجيههم ومناشطهم
5- إدارة الامتحانات: وتعنى باختبارات الطلاب ووثائقهم المدرسية.
واستمراراً لدعم الدولة للمعاهد العلمية والمحافظة على استقرار العمل بها و على السياسة التعليمية للمعاهد العلمية ، صدر الأمر السامي الكريم رقم 7175 / م ب وتاريخ 19 / 8 / 1428هـ بإبقاء المعاهد العلمية مرتبطة بجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية.